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用離心方法分離生物大分子和亞細胞物質的基本原理是根據它們在液體介質中或者沉降速度不同而形成不同的區帶，或者它們的密度不同而停留在液體介質中不同的位置而把它們一一分開。前者是沉降速度法，應用該法時液體介質的大密度要小于樣品中小顆粒的密度，離心時選用高轉速和短時間；后者是沉降平衡法，應用該法時液體介質的大密度要大于樣品中小顆粒的密度，離心時選用較低轉速和較長時間。實際操作有幾種形式：
這種方法是選擇不同轉速的離心，分別分離各個不同組分。例如先用低速沉降大顆粒和上清液，在高速離心上清沉降中等顆粒，后超速離心上清沉降小顆粒。采用逐級提高離心力分離上情液的方法，把不同大小的顆粒分開。
